地史时期的生物遗体及其生命活动在被沉积物掩埋后，经历漫长的地质年代，随着沉积物的成岩作用，埋藏在沉积物中的生物遗体或遗迹经过物理化学作用的改造（往往伴随着矿物质的交代和充填）最终形成化石。